就目前已知的情况，日军从1940年开始直到1945年战败，一直都在进行着对中国的细菌战攻击。

　　1941年9月，日军陆军参谋总长再次发布“大陆指”，对洞庭湖附近的湖南常德进行细菌战。常德是中国的重要交通枢纽和商业中心，这一次命令要求以造成常德居民间鼠疫流行的方式阻断中国军队的交通。这次参战的还是731部队和1644部队。参加作战人员的总数约

100名。

　　11月4日晨5点30分， 731部队航空班的增田美保驾驶九七式轻型轰炸机从江西南昌机场起飞，6点50分到达常德。但是这一天常德“大雾”，于是增田美保只好降低高度。飞机的两个机翼下面，携带着两个盒子，里面装的是鼠疫跳蚤。

　　事情没有预想的顺利，飞机一侧盒子未完全打开，掉在了洞庭湖里，飞机另一侧的盒子则完全打开，“谷子36公斤”撒在了常德。“谷子”是鼠疫跳蚤的秘密代号。

　　后来发现的《井本日记》清楚地显示了这次攻击的结果：“11月6日，常德附近出现中毒流行。11月20日前后，出现来势凶猛的‘鼠疫’流行”。

　　日军根据收集的情报认为攻击获得极大的成功，中国派遣高级参谋宫野下年大佐提供的报告是：“以常德为中心的‘鼠疫’极为猖獗”。于是部队士气高涨，对“圆木”（用于细菌实验的中国人）极有信心，主要的细菌武器也首选鼠疫，并希望获得30万只老鼠，以增加鼠疫的产量。

　　1942年4月18日，从太平洋

　　关东军司令部命令，派了一个约100人的远征队，带着细菌前往华东的浙赣战区。而在731部队，石井命令生产部制备了约130公斤副伤寒菌和炭疽热菌，供该远征队使用。另外还带上了大量的霍乱菌和鼠疫菌，其他的所需数量则在南京1644部队就地培养。

　　这一次细菌战与以往不同的是主要由地面撒布。日军完成了预期的机场破坏任务，然后开始撤退，边撤边撒细菌，以便使日军撤退后回来的中国老百姓和军队感染疫病。

　　在江西省上饶和玉山，日军投放了大量的注射了鼠疫菌的野生鼠类，然后让这些老鼠和当地的鼠类杂交繁殖，将鼠疫传播到更广泛的区域。